Het stichtingsbestuur van Nieuw Sion is eindverantwoordelijk voor de totale organisatie. Het bestuur bestaat uit vijf personen. De stichting Nieuw Sion werd opgericht op 2 december 2015.

Bestuursleden

Egbert Gritter, voorzitter
Godelieve Pieper, secretaris
Jan Banninga, penningmeester
Marten IJmker, lid
(vacature)

De dagelijkse leiding van de organisatie ligt sinds 1 juli 2017 in handen van de directeur Peter Dullaert. Bestuursleden zetten zich voor de stichting in op onbezoldigde basis.