Het stichtingsbestuur van Nieuw Sion is eindverantwoordelijk voor de totale organisatie. Het bestuur bestaat uit vier personen. De Stichting Nieuw Sion werd opgericht op 2 december 2015.
Bestuursleden
Harold Lever, voorzitter
Hans van der Deure, secretaris
Emiel de Bruin, penningmeester
zr. Pascale, bestuurslid
Bestuursleden zetten zich onbezoldigd in voor de stichting.
Directie
De dagelijkse leiding van de organisatie wordt vormgegeven onder verantwoordelijkheid van directeur Marten IJmker, in  samenwerking met de leiders van de woon-, getijden- en werkgemeenschap.